8月8日公開の「STAND BY ME ドラえもん」に関して、このような記事がありました。

夏映画の3Dドラえもん大特集、藤子・F公式誌
http://natalie.mu/comic/news/122282 
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(抜粋)
「Fライフ」第2号では、8月8日より公開される3DCGアニメ「STAND BY ME ドラえもん」を特集。
監督を務めた山崎貴と八木竜一ほかスタッフへのインタビュー、設定画のギャラリー、CG制作に使用されたミニチュアセットの紹介など、映画の舞台裏を徹底取材している。


との事です。
まだ読んでいないのでわかりませんが、ミニチュアセットというのは実際に撮影したのでしょうかね。
もしそうだとしたらほぼ間違い無く2D-3D変換という事になると思うのですが、どうでしょう。
買って読んだら追記します。

【追記】
本の内容によると、シーンによってはミニチュア撮影にCGを合成しているようです。
となると、2D-3D変換の可能性が高そうですね。
どこが変換を担当しているのでしょう…